Madre Luna relata la historia de Alejandra Aguirre (Amparo Grisales), una mujer hermosa e indomable, cuya sensualidad y fortaleza provocan fuertes pasiones y grandes intrigas. Durante años, Alejandra, quien se ha dedicado a sacar adelante a sus dos hijos, ha sufrido en silencio mientras guardaba un doloroso secreto.
Ahora, el destino le guarda una jugada que cambiará su vida: el gran amor de su vida Leonardo Cisneros (Gabriel Porras), regresa inesperadamente junto a su hijo Ángel (Michel Brown). Sin sospechar lo que hubo entre su padre y Alejandra, Ángel, pondrá sus ojos en ella nada más verla, causando un torbellino de pasiones prohibidas y poniendo en peligro el secreto que tan celosamente ella a guardado todo este tiempo.